Την παραίτηση του για προσωπικούς λόγους ανακοίνωσε ότι υπέβαλλε στον πρόεδρο της Κυπριακής Δημοκρατίας Τάσσο Παπαδόπουλο ο υπουργός Άμυνας της Κύπρου Φοίβος Κλόκκαρης.

Η ανακοίνωση έγινε σε συνέντευξη τύπου που παραχώρησε ο Κλόκκαρης στις 13 Σεπτεμβρίου. Μάλιστα σύμφωνα με δηλώσεις του κυβερνητικού εκπροσώπου Χριστόδουλου Πασιαρδή η παραίτηση υπεβλήθη γραπτώς στις 5 Σεπτεμβρίου. Σε αυτήν ο ηλικίας 60 ετών Κλόκκαρης που ανέλαβε ως υπουργός Άμυνας στις 8 Ιουνίου 2006, επικαλείται προσωπικούς λόγους και συγκεκριμένα θέμα υγείας. Ταυτόχρονα ο Πασιαρδής διέψευσε δημοσιεύματα των κυπριακών μέσων μαζικής ενημέρωσης που συσχέτισαν άμεσα την παραίτηση του υπουργού με την υπό έρευνα, από τον γενικό εισαγγελέα της Κύπρου, δράση παραστρατιωτικού κυκλώματος που ρύθμιζε  τις μεταθέσεις και παρακολουθούσε αξιωματικούς της Εθνικής Φρουράς. Ανέφερε επίσης ότι ο υπουργός Άμυνας είχε εκφράσει προφορικά στον πρόεδρο Παπαδόπουλο την πρόθεση παραίτησης από τα μέσα Ιουλίου, δηλαδή πριν αναδειχθεί το ζήτημα του παραστρατιωτικού κυκλώματος. Τη συσχέτιση της παραίτησης του με την ύπαρξη και λειτουργία του συγκεκριμένου κυκλώματος διέψευσε και ο Κλόκκαρης, ο οποίος μάλιστα ανέφερε στις δηλώσεις του ότι το θέμα υγείας ανέκυψε μετά την ανάληψη των καθηκόντων του. Η παραίτηση Κλόκκαρη επηρέασε τον έναν από τους δύο εταίρους του κυβερνητικού συνασπισμού, το ΑΚΕΛ, το οποίο από δημοσιεύματα των κυπριακών μέσων μαζικής ενημέρωσης, ήταν ο φορέας άσκησης πιέσεων και παρεμβάσεων στις προαγωγές και μεταθέσεις του στρατιωτικού προσωπικού. Σύμφωνα με δημοσίευμα της κυπριακής εφημερίδας «Πολίτης», το παραστρατιωτικό κύκλωμα αποτελούνταν από αξιωματικούς οι οποίοι παρακολουθούσαν συναδέλφους τους σε όλες τις πτυχές της επαγγελματικής και προσωπικής τους ζωής και συνέλεγαν στοιχεία τα οποία μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν σε βάρος τους. Ταυτόχρονα επιχειρούσαν να επηρεάσουν τη διαδικασία μεταθέσεων και προαγωγών παρεμβαίνοντας κατά το δοκούν. Όλες οι ανωτέρω αιτιάσεις απορρίφθηκαν από τον εκπρόσωπο του κόμματος, ο οποίος και δήλωσε ότι η συνεργασία μεταξύ των πρώην υπουργού άμυνας και του επικεφαλής του κόμματος, γενικού γραμματέα Δημήτρη Χριστόφια, ήταν πάντα αρμονικές.