Η πρόσφατα (5 και 6 Σεπτεμβρίου) διεξαχθείσα άσκηση «ALEXANDROUPOLIS 06» με τη συμμετοχή ελληνικών και αιγυπτιακών δυνάμεων ενίσχυσε τη συνεργασία μεταξύ των δύο ναυτικών.

Το Πολεμικό Ναυτικό (ΠΝ) διατηρεί συνεργασία με το Ναυτικό της Αιγύπτου κατά κύριο λόγο στο πλαίσιο των Προγραμμάτων Στρατιωτικής Συνεργασίας (ΠΣΣ) επιπέδου ΓΕΕΘΑ. Οι βασικοί τομείς συνεργασίας μεταξύ των δύο Ναυτικών η επιχειρησιακή εκπαίδευση, η ανταλλαγή επισκέψεων, και η συνεργασία μεταξύ Υδρογραφικών Υπηρεσιών (ΥΥ). Στον τομέα της Επιχειρησιακής Εκπαίδευσης το ΠΝ συμμετέχει στην άσκηση «BRIGHT STAR» που διοργανώνεται από το Αιγυπτιακό Ναυτικό. Επίσης από το ΠΝ και το Αιγυπτιακό Ναυτικό διεξάγονται ανά διετία οι διμερείς ασκήσεις μικρής κλίμακας «ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΥΠΟΛΗ» και «ΑΛΕΞΑΝΔΡΕΙΑ» στην Ελλάδα και την Αίγυπτο αντίστοιχα. Κατά την παρούσα περίοδο διεξήχθη η άσκηση «ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΥΠΟΛΗ-06» η οποία διοργανώθηκε από το ΠΝ, στην θαλάσσια περιοχή μεταξύ νήσων Κύθηρα και Κρήτης, για το διάστημα από 3 ως 8 Σεπ 2006. Τα αντικείμενα της άσκησης περιλάμβαναν επιχειρήσεις εκκένωσης περιοχής (Non Combatant Evacuation Operations-NEO), επιβολής του δικαίου θαλάσσης (Maritime Law Enforcement Operations) και έρευνας-διάσωσης (Search and Rescue-SAR). Το Αιγυπτιακό Ναυτικό συμμετείχε με 2 Φρεγάτες (Φ/Γ), ενώ από πλευράς ΠΝ συμμετέχουν 2 Φ/Γ, 1 υποβρύχιο και ένα πετρελαιοφόρο. Τα τελευταία έτη επίσης εκτελούνται επισκέψεις στον λιμένα του Πειραιά του εκπαιδευτικού πλοίου «EL NASER» του Αιγυπτιακού Ναυτικού.

Από 01 έως 04 Απριλίου 2006, πραγματοποιήθηκε επίσκεψη στην Αλεξάνδρεια μιας φρεγάτας στο πλαίσιο εκδηλώσεων για τα θυρανοίξια του Ιερού Ναού του “Ευαγγελισμού της Θεοτόκου” στην Αλεξάνδρεια, καθώς και των εγκαινίων του Πατριαρχικού Οίκου, στην οποία παρέστη ο Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού Αντιναύαρχος Δημήτριος Γούσης συνοδεύοντας τον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας. Στον τομέα συνεργασίας μεταξύ των Υδρογραφικών Υπηρεσιών των δύο κρατών πραγματοποιήθηκε επίσκεψη στην Ελλάδα από δύο Αξιωματικούς επιτελείς της Αιγυπτιακής Υδρογραφικής Υπηρεσίας από 21 Αυγούστου  έως 1 Σεπτεμβρίου 2006, με σκοπό την συμμετοχή τους σε διαδικασίες χαρτογράφησης και παραγωγής ψηφιακών χαρτών της Υδρογραφικής Υπηρεσίας  του ΠΝ. Επιπρόσθετα, υφίσταται σε εκκρεμότητα σχέδιο Μνημονίου Συνεργασίας (Memorandum of Understanding – MOU), το οποίο θα ρυθμίζει τη συνεργασία μεταξύ των δύο Υδρογραφικών Υπηρεσιών για το οποίο αναμένεται η τελική απάντηση της Αιγυπτιακής πλευράς.