Σύμφωνα με ανακοίνωση τύπου της Aermacchi, από τις 22 έως τις 29 Δεκεμβρίου 2006, υποβλήθηκε σε δοκιμές η νέα έκδοση του λογισμικού ελέγχου πτήσης του πρωτότυπου Νο. 2 του Μ-346, επιτρέποντας σημαντική επέκταση στο φάκελο πτητικών χαρακτηριστικών του αεροσκάφους.

Το αεροσκάφος πραγματοποίησε τρεις εξόδους, διάρκειας μίας ώρας εκάστη, επιτυγχάνοντας μέγιστη ταχύτητα 0,96 Mach 0,96, και καταρρίπτοντας έτσι το προηγούμενο όριο των Mach 0,85. Η φάση αυτή του προγράμματος απέδειξε την τέλεια εναρμόνιση των δοκιμών με τα δεδομένα σχεδιασμού και τα αποτελέσματα των ελέγχων που πραγματοποιήθηκαν στον προσομοιωτή. Επιπλέον επιβεβαίωσε την άριστη λειτουργία, τις πτητικές δυνατότητες και τα χαρακτηριστικά ασφαλείας του Μ-346. Με τη χρήση αυτού του νέου λογισμικού, χάρη στην ομαλή λειτουργία των χειριστηρίων πτήσης (flight controls) και της αυτόματης μείωσης του συντελεστή φόρτισης (load factor), επιτυγχάνεται ο ακόμα ευκολότερος, πιο άνετος και πιο ασφαλής χειρισμός του αεροσκάφους. Επιπλέον, η βελτιστοποίηση της κλίσης του χείλους προσβολής έχει σαφώς βελτιώσει την απόδοση του αεροσκάφους στις υψηλές γωνίες προσβολής καθώς και κατά την διάρκεια ελιγμών (aerobatics). Το πρόγραμμα εξελίσσεται με πολύ γοργούς ρυθμούς, και στις αρχές του 2007 το επίπεδο εξέλιξης του αεροσκάφους θα επιτρέπει την επίτευξη επιπλέον στόχων από μηχανολογικής απόψεως, θέτοντας έτσι τα θεμέλια εξαιρετικών χαρακτηριστικών ελέγχου και ελιγμών του τόσο σε υπο-ηχητικές όσο και διηχητικές περιοχές ταχυτήτων. Ο σχεδιασμός του εκπαιδευτικού αεροσκάφους δύναται να καλύψει τις πλέον περίπλοκες και δύσκολες απαιτήσεις των Πολεμικών Αεροποριών διεθνώς. Οι επιχειρησιακές δυνατότητες του αεροσκάφους και η ολοκλήρωση του καθορισμού ορίων του φακέλου πτητικών χαρακτηριστικών του καταδεικνύουν τις τεχνολογικές δυνατότητες της Alenia Aermacchi, μέλος του ομίλου Finmeccanica, καθώς και τον ηγετικό της ρόλο στον τομέα των εκπαιδευτικών αεροσκαφών.

Εν τω μεταξύ, το πρώτο αεροσκάφος του σταδίου που προηγείται της παραγωγής κατασκευάζεται στο εργοστάσιο της Alenia Aermacchi στο Venegono, και η πρώτη του πτήση προγραμματίζεται για το τέλος του 2007. Το αεροσκάφος αυτό είναι αποτέλεσμα τεχνολογικών, σχεδιαστικών και κατασκευαστικών λύσεων  που επιτρέπουν μεγάλη μείωση του κόστους κτήσης και κύκλου ζωής. Αυτό εξασφαλίζει στο Μ-346 μια πολύ ανταγωνιστική θέση στη διεθνή αγορά, όπου το αεροσκάφος αποκτά θετική φήμη στο πλαίσιο της διαδικασίας αξιολόγησης του, στην οποία υποβάλλεται από πολλές Αεροπορίες. Το αεροσκάφος Μ-346, το κορυφαίο προϊόν της Alenia Aermacchi, δημιουργήθηκε με βάση συγκεκριμένες και αυστηρές απαιτήσεις που τέθηκαν από 10 Ευρωπαϊκές Πολεμικές Αεροπορίες. Έχει αναγνωριστεί ως το καλύτερο αεροσκάφος και μοναδικό στην κατηγορία των αεροσκαφών προκεχωρημένης εκπαίδευσης στην Ευρώπη, το οποίο μπορεί να προσομοιώσει τη λειτουργία, επιχειρησιακά σενάρια και το cockpit των μαχητικών τελευταίας γενιάς, όπως το Eurofighter, Gripen, Rafale, F-16, F-22, και το μελλοντικό JSF.Χάρη στην υψηλή εκπαιδευτική του απόδοση και τις εξαιρετικές δυνατότητες «καταγραφής των δεδομένων πτήσης» το Μ-346 αντιπροσωπεύει ένα σημαντικό άλμα στον τομέα της στρατιωτικής εκπαίδευσης. Τέλος αξίζει να σημειωθεί ότι το Μ-346 έχει τη δυνατότητα να καλύψει ειδικές επιχειρήσεις που αφορούν την εθνική ασφάλεια και τις αμυντικές απαιτήσεις των αναπτυσσόμενων χωρών.